De brugperiode beslaat leerjaar 1 en 2. De leerlingen blijven in principe twee jaar in dezelfde groep met dezelfde klassenmentor. Aan de hand van allerlei gegevens, die tijdens de tweejarige brugperiode worden verzameld, wordt de begeleiding van de leerlingen vorm gegeven en wordt de leerling geholpen om een zo goed mogelijke keuze te maken voor HAVO of VWO. Bij gelegenheid van het tweede rapport in klas 2 ontvangen de leerlingen een persoonlijk advies over de te volgen richting. De keuze wordt voorbereid tijdens de LOB-lessen (Loopbaan Oriëntatie en Begeleiding), die de klassenmentoren in samenwerking met de decaan verzorgen. 

HAVO

De HAVO-afdeling kent na de brugperiode nog drie leerjaren. In het derde leerjaar volgen alle leerlingen de lessen volgens de lessentabel die elders in deze gids afgedrukt is. Vanaf het vierde leerjaar volgen de leerlingen het programma van de Tweede Fase ( voor een beschrijving: zie het algemene deel van deze schoolgids). Het HAVO is een voorbereiding op het hoger beroepsonderwijs (HBO). Na de vijfde klas HAVO kunnen goede leerlingen doorstromen naar VWO-5. In maart krijgen de leerlingen gelegenheid zich daarvoor aan te melden.

VWO

De afdeling atheneum hoort tot het voorbereidend wetenschappelijk onderwijs (VWO).  Het VWO geeft recht op het volgen van wetenschappelijk onderwijs (universiteit, hogeschool) maar kan ook dienen als voorbereiding op het hoger beroepsonderwijs (HBO). Vanaf klas 4 volgen VWO-leerlingen het programma van de Tweede Fase (zie algemeen deel van deze schoolgids). Ook tweetalig VWO bereidt voor op een universitaire studie, maar maakt naast het reguliere VWO-programma een buitengewone beheersing van het Engels mogelijk, waardoor toelating op buitenlandse universiteiten mogelijk wordt.

 Tweetalig onderwijs

Naast de reguliere afdeling havo/vwo biedt het Cobbenhagenlyceum ook tweetalig onderwijs aan.  Leerlingen starten of in het tweetalig vwo of in de eenjarige afdeling havo/vwo waarna een keuze wordt gemaakt voor tweetalig havo of tweetalig vwo.